Необходимо использовать 1C:EDT Code style
из поставки JDT для разработки плагинов 1C:EDT из программы установки и запуска 1C:EDT Start.
Если вы не используете установку JDT из 1C:EDT Start:
Window -> Preferences -> Java -> Code Style -> Formatter
Если вы не используете установку JDT из 1C:EDT Start:
Window -> Preferences -> Java -> Code Style -> Clean Up